呪われた海賊バルボッサとの壮絶な闘いを乗り越え、再びブラックパール号の船長となったジャック・スパロウ。しかし彼は、海賊なら誰もが恐れる幽霊船フライング・ダッチマン号の船長デイヴィ・ジョーンズにもうじき魂を奪われようとしていた。13年前にブラックパール号を手に入れるためジョーンズと“血の契約”を交わしており、その契約の刻限が迫っていたのだ。それでもジャックはその事態を打開するべく、命運を握るある鍵の行方を追い始める。一方、結婚式を挙げようとしていた鍛冶屋の青年ウィルと総督の娘エリザベスは、ジャックを逃がした罪で投獄されるハメに。やがて、２人は再びジャックに会わなければならない宿命となり、それぞれ彼のもとへ向かうのだが…。